萌底位于镇区东北4公里，海拔908米，主村萌底先由游、陈两姓拓居，明嘉靖年间（1545年左右），魏椿九从礼门黄家山迁柿洋（今仕洋）数载，复迁萌底定居。毗邻的自然村岔头，以萧、郑两姓为主，分别从萌源、端源迁入定居。

萌底村原隶宁德县。民国24年（1935年）6月，隶周墩特种区周墩联保。民国29年1月，隶周墩镇。民国34年8月，隶周宁县狮城镇萌源保。1950年4月，隶第一区萌源乡。1956~1958年4月，隶端源乡。1959年1月，隶端源公社萌底大队。1963年3月，隶浦源区萌源乡。1966年8月，从萌源乡析出，成立萌底大队。1984年8月，隶浦源乡设萌底村民委员会。1995年，共241户、1357有，设村民小组8个。

萌底村是地下革命活动据点之一。民国23~24年（1934~1935年），部分贫苦农民加入贫农团，进行站岗放哨、送信，接待革命同志，常住革命同志的自然村岩4座民房遭-反动派烧毁。民国时期，村民生活较为清贫，村里仅办过私塾，多数人读不起书。1952年，始办初级小学，穷人子弟开始入学。1973年，村民自力更生修建萌底接周（宁）寿（宁）公路1.5公里的简易车道。1975年，修建2层石木结构的大队（村委）办公楼，建筑面积350平方米。1983年，铺设村道水泥混凝土路面长400米。宽3米。1991年，建成引水工程管道总长1220米，解决萌底、岔头村民水问题。同年，新建石混结构校舍1座，设6个班级，学生128人，教师10人，适龄儿童全部入学。1994年，创办后坑青色石板厂。改革开放以来，全村有100多人外出经商办企业，少数人已先富起来，资金百万元。1995年，全村耕地面积1662亩，粮食总产量712吨，亩产428公斤，人均经济收入1800元。村民有电视机184台，普及75%家庭；富裕户45户、占18.7%。全村有大学本科毕业生3人，正副处级干部2人。

自然村岔头，清时建有延寿寺，1956年废，1990年重建大雄宝殿和天王殿两座，建筑面积223平方米，萌底村，1990年募建延寿庵1座，建筑面积129.65平方米。各住尼姑1人。村水尾建石拱木廊桥，长18米、宽4米，净跨6米。

2021年11月，福建省爱卫办命名萌底村为2021年福建省卫生村。