萌源村座落翔凤山下，位于镇区东部，离县城5公里，海拔895米，周寿公路横穿村南，是东洋（三源一关）通往寿宁要冲。

萌源又称萌村，原先由薜氏拓居下竹柄（俗称薜家岭）。唐天佑元年（904年）萧氏祖先从竹柄（后称萧家离格）迁居萌源村，繁衍裔孙的户数、人口居全镇第二位。宋代，隶宁德县十六都。民国24年（1935年）6月，隶周墩特种区周墩联保。民国29年，隶周墩镇设萌源保。民国34年8月，隶周宁县狮城镇。1950年4月，隶周宁县第一区（端源区）设萌源乡（含萌底）。1956年底，萌源并入端源乡。1959年1月，隶端源公社，析出萌底，设萌源大队。1963年3月，萌源、萌底合并为萌源乡，隶浦源区。1966年8月，析出萌底，设萌源，隶浦源公社。1984年8月，隶浦源乡设萌源村民委员会。1995年，全村584户、3204人，设15个村民小组。

萌源村早期佛教盛行，村北的兴福寺建于明宣德四年（1429年），后几经修茸扩建，成为东洋鼎盛名寺，拥有大量田地和经书，僧尼多人，清光绪三年（1877年）寺西廊设书房和塾馆，东洋名人多在就读。萌源村肖氏宗祠建于清顺治十六年（1659年），后经康熙、乾隆、光绪年间3次修建，建成前后3座项链的祠堂，建筑面积1157。52平方米，内祀历代宗亲灵牌124尊，正座左侧祀薜氏始祖塑像，悬挂匾额46面，柱联24幅，威严典雅。康熙二十九（1690年），建造的凤池，长270米、宽6~9米，蓄水消防，洗衣洁物。清咸丰年间，村民萧高绫营建的土模结构汉堂厝，木柱128根，大小天井9个，房间50余间，为东洋最大的民房。1958年，建成公共食堂1座，面积2640平方米，供全村340户用膳，1960年食堂停办，改做生产队仓库及供销社门市部和医疗站。1990年冬，兴建石混结构的“延寿楼”1座，建筑面积200平方米，为老人文娱活动场所。

萌源耕地多，地势平坦，土质肥沃，为全县主要粮食产区之一。1974年冬，开展以改土治水为中心的农田基本建设时，为改善农田灌溉条件和村容面貌，把村前公路旁小溪改道取直，流程从原来的1500米缩短为1080米，开拓公路新街道。1985~1991年，村内巷道2760米长，全面铺设水泥混凝土路面。1993年，铺筑公路新街道400米长、6米宽的水泥混凝土路面。改革开放以来，全村建房屋125座，其中建筑3~曾钢筋混凝结构楼房40余座，用地面积14.070亩，村容成倍扩大，人均住房20平方米有的外墙贴磁砖，室内铺地毯。1993年，镇村联营金煽茶场200亩。1995年2月，动工兴建举洞岩引水工程，总投资70万元，砌造2个蓄水池容量360吨，引水渠道长3820米，解决全村3200人饮水问题。1955年，粮食总产量1256吨，亩产471公斤，人均口粮360公斤，农业总产值 万元，人均收入3160.56元，有林地4000亩，其中集体林场2400亩，板栗530亩。全村有电视机518台，普及88.7%家庭。

萌源村村民历来有经商办企业的传统。清光绪年间，全村有私营茶坊18家，年加工精茶几百箱，销往南洋各地，这期间村中街市颇兴，有各类小商店20余间。民国时期，商店随着茶市的浮沉而兴衰。解放后集市复苏。改革开放后渐趋兴旺，全村新旧街道有各类商店68间，镇村联营茶叶精制厂矿1家，合伙经营茶叶初制厂3家，私营陶窑2家，车辆修理店铺间，电器维修店员间。外出厦门、上海、汕头、广州等地经商办企业管理730多人，占人口总数的23.1%，年收入团760万元，其中资金达10万元以上30多家，百万元以上5-6家。

萌源村民一向重视发展社会事业。清代均以私塾训蒙教诲子孙。民国时，借用肖氏宗祠启作国民学校教室。村医肖廷扬、蛇医肖昌宽深研医术，开店和行医诊疗。1950年，设立萌源小学。1956年，成立萌源村联合诊所，1958年改为大队保健站，1987年升为萌源卫生分院，为全县仅有的1所村级卫生分院。1981年，村民集资15万元、国家支持补助6万元，新建萌源小学校舍3座，用地面积4400平方米。1992年1月，萌源在全县率先成立“萌源村教育奖励基金会”，每年提取数千元资助考入县一中以上学生及部分教师；同年，萌源完全小学升设浦源学区第二中心小学，设10个班级，学龄儿童全部入学。1995年，全村有正副处级干部6人，高级知识分子3人，正副局级干部34人，大学本科毕业生28人。

2020年2月，福建省第三批省级传统村落名单出炉，萌源村榜上有名。

2019年12月，国家林业和草原局公布第二批国家森林乡村名单，萌源村榜上有名。